カテゴリを紐づけていないナレッジは検索にヒットしない仕様です。ヒットしないナレッジにカテゴリーが登録されているか確認してみてください。
ついでに情報
逆に、検索にヒットさせたくないナレッジがある場合は、カテゴリに紐づけない状態で公開しておけば検索にヒットしませんが、この場合は該当ナレッジのURLへ直接アクセスする以外に表示する手段がありません。